Sezon 5.
Kritschgau wciąż przekonuje agentów o mistyfikacji rządu w sprawie UFO.
Stan zdrowia Scully poprawia się, gdy pomaga jej... Palacz! Agentka odkrywa, że nie będzie mogła mieć dzieci, ponieważ podczas porwania pozbawiono ją komórek jajowych. Do tej prawdy dochodzi po tym, jak poznaje swoją genetyczną córkę Emily – eksperyment medyczny, hybrydę człowieka i obcego. Dziewczynka wkrótce umiera.
W tym sezonie poznajemy Cassandrę Spender – pierwszą udaną hybrydę, odporną na Czarnego Raka, byłą żonę Palacza. Oprócz niej pojawia się też inny krewny złego bohatera - jego syn, Jeffrey, który jest agentem FBI.
Ważną rolę odgrywa Gibson Prais, chłopiec–telepata, który prawdopodobnie spokrewniony jest z kosmitami. Gdy jego niezwykłe umiejętności wychodzą na jaw, porywa go Syndykat.
Na zakończenie sezonu Archiwum X zostaje ponownie zamknięte, a Palacz podkłada ogień pod gabinet Muldera.
