Sezon 6.
Archiwum X zostaje otwarte ponownie, tym razem jednak prowadzą je Diana Fowley i syn Palacza - Jeffrey Spender. Mulder oraz Scully mają zakaz wtrącania się do ich działań.
Wreszcie poznajemy powody powstania i motywy działań Syndykatu. Okazuje się, że organizacja poszła na współpracę z obcymi, w zamian za obietnicę przeżycia po kolonizacji przez nich Ziemi. Tajemnicza grupa zgodziła się na przeprowadzenie eksperymentów nad stworzeniem hybrydy obu ras ludzkiej i pozaziemskiej. Testy prowadzone są między innymi na rodzinach członków Syndykatu.
Tymczasem na arenę kosmicznych eksperymentów wkracza nowa rasach obcych. W dramatycznych okolicznościach giną prawie wszyscy członkowie Syndykatu. W końcówce sezonu Mulder trafia na oddział zamknięty, a próbująca mu pomóc Scully jedzie do Afryki Południowej, gdzie odnajduje... statek kosmiczny.
