Sezon 3.
Ginie siostra Dany – Mellisa. Z kolei Mulder dowiaduje się, że za porwaniem jego siostry, Samanthy, stoi Syndykat. W ten sposób organizacja zmusza do milczenia ojca agenta, który także był jej członkiem.
W ostatnim odcinku sezonu pojawia się matka Muldera, która – jak się okazuje – miała przed laty romans z Palaczem.
Agenci dowiadują się o badaniach przeprowadzanych przez hitlerowskich naukowców w 1947 roku, zaraz po katastrofie w Roswell. Tajemnicze eksperymenty miały na celu stworzenie hybrydy człowieka i obcego. Kaseta z nagraniem sekcji zwłok kosmity trafia w ręce Palacza.
Scully odnajduje w swoim ciele implant, podobny do tych, które znaleziono w ciałach kobiet opowiadających o porwaniu i przeprowadzaniu na nich eksperymentów.
Tymczasem pojawia się pozaziemska, obdarzona inteligencją substancja, zwana Czarnym Rakiem, która opanowuje Kryceka.
