Sezon 2.
Odsunięci od Archiwum X agenci próbują zająć się inną pracą. Scully zostaje wykładowcą, a Mulder wykonuje rutynowe czynności agenta FBI. Dostaje także nowego partnera Kryceka, jak się później okazuje, szpiega Palacza.
Niebawem Archiwum X wznawia działalność. Agenci rozpracowują m.in. sprawę niezwykłych pigułek z suszonych grzybów podawanych chorym na Alzhaimera, stają w obliczu nieznanych chorób (śmierci więźniów z Wirginii, seryjnych zgonów żołnierzy w obozie uchodźców na Tahiti) i masowego obłędu.
W tej serii pojawiają się także kanibale, wyznawcy voodoo oraz sataniści i niezwykłe istoty, jak np. humanoidalna pijawka powstała w wyniku radioaktywnych odpadów z Czarnobyla.
Pod koniec 2. sezonu Mulder zostaje uznany za zaginionego w wyniku pożaru, do którego dochodzi podczas oględzin domniemanych ciał obcych.
