Sezon 1.
Przełożeni Dany Scully przydzielają ją do tajemniczego wydziału - Archiwum X, jednostki zajmującej się trudnymi do wyjaśnienia zjawiskami. Racjonalna i kierująca się logiką agentka spotyka tam swoje przeciwieństwo – Foxa Muldera. Mężczyzna wierzy w istnienie cywilizacji pozaziemskiej, magię i okultyzm. Ma obsesję na punkcie zniknięcia siostry, twierdzi, że porwali ją kosmici.
Do zadań Scully należy obserwowanie agenta oraz donoszenie przełożonym o jego dziwactwach. Z czasem Dana zaczyna odkrywać pozytywne strony pracy z Mulderem, a nawet rodzi się między nimi silna więź.
Agenci z pomocą informatora Głębokiego Gardła coraz lepiej poznają metody działania Syndykatu (międzynarodowego spisku ludzi z najwyższych kręgów władzy). Na arenę wkracza mroczna postać serialu – Palacz.
