Sezon 8.
Po zniknięciu Foxa partnerem Scully zostaje John Doggett. Co ciekawe, teraz to Dana bardziej zawierza przeczuciom i intuicji, a jej kolega jest zaś pierwiastkiem racjonalnym w ich parze. Agenci poszukują Muldera, podejrzewając że jego zaginięcie jest kolejną mistyfikacją. Po kilku miesiącach od pogrzebu okazuje się, że agent nie umarł, a dzięki pozaziemskiemu wirusowi może powrócić do żywych.
Do akcji wkracza nowa organizacja. Miejsce Syndykatu zajmuje Nowy Syndykat czyli tzw. Super-żołnierze (przeprogramowane hybrydy ludzi i obcych).
Scully rodzi syna. Czy jego ojcem jest Mulder? Odpowiedź nie jest prosta. William jest niezwykłym dzieckiem, które posiada niebywałe zdolności. Interesują się nim członkowie Nowego Syndykatu, którzy porozumiewają się z obcymi w celu kolonizacji Ziemi.
