Sezon 9.
Do stałej obsady serialu dołącza nowa postać – Monika Reyes. Razem z Dogettem przejmuje ona Archiwum X.
Scully nie może zapewnić dziecku bezpieczeństwa, dlatego decyduje się oddać je do adopcji.
Mulder znika z serialu. Tym razem ucieka przed Super-żołnierzami Nowego Syndykatu. Ponownie zobaczymy go dopiero w finale sezonu, w którym stanie przez sądem oskarżony o morderstwo. Podczas składanych wyjaśnień widzowie usłyszą podsumowanie rządowej intrygi snutej przez dziewięć sezonów.
Skazany na śmierć Fox z pomocą przyjaciół ucieka do Nowego Meksyku. Skrywający się tam przed kolonizacją obcych Palacz zdradza Mulderowi datę ostatecznej kolonizacji - 22.12.2012.