Tak dziś wygląda agentka Dana Scully!
Mimo że kariera Anderson układa się wyjątkowo pomyślnie, tego samego nie można powiedzieć o jej życiu prywatnym. Gwiazda nie ma szczęścia w miłości. Aktorka dwukrotnie wychodziła za mąż. W 1994 roku poślubiła Clyde'a Klotza. Kilka miesięcy po ślubie okazało się, że jest w ciąży.
Twórca "Z archiwum X", Chris Carter, wymyślił historię porwania przez kosmitów, która pozwoliła Anderson nie grać podczas widocznej już ciąży, porodu i dziesięciodniowego urlopu macierzyńskiego.
W grudniu 2004 roku Anderson ponownie wyszła za mąż, tym razem za Juliana Ozanne'a. Po 16 miesiącach para ogłosiła separację. Pierwszego listopada 2006 roku gwiazda urodziła syna Oscara, będącego owocem jej nieformalnego związku z Markiem Griffithsem. Blisko dwa lata później - 15 października 2008 roku, przyszedł na świat ich drugi syn, Felix.
Kłopoty w życiu prywatnym odbiły się na wyglądzie gwiazdy. Anderson bardzo schudła i straciła dawny blask.